船舶与海洋工程系建于1943年，作为我国船舶与海洋工程领域人才培养和科技研发的策源地。在船舶与海洋工程系的发展史上，先后培养了第一艘万吨轮总师、第一艘核潜艇总师、第一艘航空母舰总师、第一艘7000米载人潜水器总师、第一艘3500米无人遥控潜水器总师等大批技术专家。

       随着中华民族伟大复兴宏伟事业的蓬勃发展，船舶与海洋工程系也茁壮成长，今天已拥有一个国家一级重点学科（船舶与海洋工程）及三个二级学科（船舶与海洋结构物设计制造、轮机工程和水声工程），一个博士后流动站（船舶与海洋工程）。研究领域涵盖船舶设计与数字化造船、船舶性能、船舶流体力学、船舶结构力学、海洋工程、水下工程、轮机工程和水声工程等方向。现有的研究基地有高新船舶与深海开发装备协同创新中心、船舶与海洋工程国家实验室（筹）、中国海洋工程装备科技发展战略研究院、海洋工程国家重点实验室、国家大型科学仪器中心深海技术试验中心（上海）、水动力学教育部重点实验室、海上智能装备与系统教育部重点实验室、海事局海事调查实验室等研究机构。一大批科研成果获得国家和省部级大奖，大批由学院培养的学生已在舰船、海洋工程、海洋科学等领域担任重要职务和技术骨干，为中国的大海洋事业作出了积极贡献。

       船舶与海洋工程学科在历次全国学科评估中均排名第一，软科世界一流学科排名连续三年排名世界第一。目前以船舶与海洋工程为基干，一端对接造船产业、海上资源开发行业、海军装备建设，形成了包含成果转化、产品开发、海上作业、工程服务等的支撑体系，另一端扩展到包括海洋国策研究、海洋环境保护、海洋科学探索、海洋资源调查等的基础学术领域，基本完成了大规模实验设施基地建设，初步构建了“大海洋”格局。船舶与海洋工程系以服务海洋强国、海上丝绸之路、世界一流大学和一流学科双一流建设等国家战略为宗旨，向着国际顶尖学科的目标快速前进。